Словарь научных терминов
Молекулярная динамика

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИНАМИКА, изучает вращательное и поступательное (трансляц.) движение молекул, а также внутримолекулярные движения: колебания атомов и атомных групп, конформац. перестройки, вращения отдельных мол. фрагментов и т. п. Характерные времена этих движений зависят от структуры молекул, их окружения, плотности в-ва, т-ры и др. термодинамич. параметров и изменяются от ~10-14 с (внутримолекулярные колебания и вращение малых молекул) до 104 с (конформац. перестройки молекул в твердых телах). Амплитуды соответствующих мол. движений малы и, как правило, не превышают 1 нм.

Эксперим. исследование мол. движений проводят с па-мощью ЯМР, ЭПР, оптич. спектроскопии (люминесцентной, ИК, комбинац. рассеяния), методов диэлектрич. и мех. релаксаций, рассеяния нейтронов, рентгеновских лучей и др.; для интерпретации результатов привлекают модельные представления о мол. структуре изучаемого объекта и динамике молекул. Из теоретич. методов в первую очередь используют моделирование мол. структур на ЭВМ-ч и сл е н н ы е э к с п е р и м е н т ы (часто наз. также м а ш и н н ым и или в ы ч и с л и т е л ь н ы м и э к с п е р и м е н т а м и). Такое моделирование основано на определенных физ. гипотезах относительно характера движения частиц в системе, их взаимод. и т. п.; оно позволяет провести детальный анализ динамич. св-в разл. мол. систем, зависимость этих св-в от т-ры и др. термодинамич. параметров и влияния динамики молекул на макроскопич. св-ва в-ва. Одно из существ. достоинств численных экспериментов - возможность проверить исходные физ. гипотезы и вычислит. методики, оставаясь в рамках самих этих экспериментов. Совр. ЭВМ позволяют проводить численные эксперименты для систем с относительно небольшим числом N частиц (как правило, N = 102-103). Поэтому для моделирования изотропных макроскопич. систем часто полагают, что все пространство заполнено тождеств. ячейками с периодич. граничными условиями (напр., кубич. ячейками, когда считаются тождественными противоположные грани). .

В М.д. используют разл. численные эксперименты. Одна группа методов исследует возможности внутри- и межмол. движений на основе расчета геом. и энергетич. характеристик молекул в равновесном состоянии (см. Молекулярная механика). В т.наз. м о л е к у л я р н о-д и н а м и ч е с к и х э к сп е р и м е н т а х (МДЭ) непосредственно моделируется мол. движение. Частицы (отдельные атомы, атомные группы, небольшие молекулы) представляются материальными точками; потенциалы межмол. взаимод. задаются в явном виде. При этом обычно используют геом. (жесткие) связи и модельные потенциалы парного взаимод.; иногда применяют и потенциалы многочастичного взаимод., а также рассчитанные квантовомеханически. Для определения траектории частиц используют разл. ур-ния. В т.наз. м е т о д е м о л е к у л я р н о й д и н а м и к и (МД) интегрируют ур-ния движения классич. механики:

http://www.medpulse.ru/image/encyclopedia/6/2/3/8623.jpeg

где N-число частиц, U-потенц. ф-ция взаимод., t-время, ri и тi-соотв. радиус-вектор и масса i-й частицы. Для интегрирования системы ур-ний (1) необходимо задать начальные координаты и импульсы частиц и граничные условия. Чтобы рассчитать термодинамич. параметры системы (т-ру, давление или тензор напряжений), используют э р г о д и ч е с к у ю г и п о т е з у, согласно к-рой средние по фазовой траектории (в пространстве координат и импульсов) значения параметров совпадают со средними по ансамблю. Аналогично определяют структурные параметры системы (напр., парные ф-ции распределения) и динамич. характеристики (временные корреляц. ф-ции смещений частиц, их скоростей, действующих на них сил и др.). Метод МД позволяет изучать также влияние внеш. полей (мех., электрич.) на мол. системы, для чего вводятся спец. граничные условия, к-рые могут зависеть от времени (т. наз. неравновесный метод МД).

Пространственные и временные ограничения метода МД связаны с возможностями используемых ЭВМ, размером и структурой принимаемых мол. моделей. В первых работах (Б. Олдер, Т. Вайнрайт, 1959) расчеты выполнялись для двухмерной модели жидкости из неск. десятков частиц. Совр. ЭВМ позволяют рассчитывать фазовую траекторию для систем из 103-106 атомов за времена ~ 10-10 с. Даже в рамках этих ограничений метод МД успешно используют для решения мн. вопросов мол. физики конденсир. состояния в-ва. Так, установлено, что диффузионный процесс в простых жидкостях и воде осуществляется не скачкообразными перемещениями отдельных молекул из одного положения относит. равновесия в другое, а благодаря коллективным непрерывным движениям всей совокупности молекул. Метод МД позволяет понять механизм образования кристаллич. дефектов под воздействием ионизирующих излучений, термич. и мех. нагружения. Этот метод используют для изучения аморфных металлов, стекол, полимеров, белковых молекул, для объяснения адсорбц. понижения прочности (эффекта Ребиндера).

В методе б р о у н о в с к о й д и н а м и к и (БД) для описания движения частиц используют у р-н и е Л а н ж е в е н а:

http://www.medpulse.ru/image/encyclopedia/6/2/4/8624.jpeg

где xi-т. наз. коэф. трения i-й частицы, связанный с диссипацией мех. энергии, fiсл(t)-действующая на частицу в момент времени t случайная сила, возникающая из-за взаимод. рассматриваемых частиц с окружающими молекулами среды. Метод БД позволяет рассчитывать траектории частиц в плотных газах и жидкостях. Объем требуемых вычислений существенно уменьшается по сравнению с методом МД, поскольку молекулы среды не принимаются во внимание. Кроме того, метод БД позволяет рассмотреть мол. динамику за большие промежутки времени или анализировать более объемные структуры. Его применяют для анализа систем, в к-рых достаточно крупные частицы подвержены броуновскому движению (напр., золей), а также для исследования динамики макромолекул в р-рах и расплавах полимеров.

Для вычисления траекторий частиц используют и др. ур-ния движения, в к-рых случайное действие окружающей среды на рассматриваемую систему вводится иначе, чем в ур-нии (2). Все они являются вариантами обобщенного ур-ния Ланжевена, учитывающего временные и пространств. корреляции случайных сил и сил трения (т. наз. методы ланжевеновой динамики). Используя разл. упрощающие предположения, можно построить определенную иерархию приближений, к-рая позволяет рассматривать мол. систему в разных временных масштабах (см., напр., Динамика элементарного акта хим. р-ции).

М е т о д М о н т е-К а р л о (ММК) позволяет оценивать динамич. св-ва системы на основе данных о ее своб. энергии. При этом для решения задач М.д. используют известный метод вычислит. и прикладной математики, наз. методом статистич. испытаний. Его широко применяют в физ. химии при изучении структурных параметров и термодинамич. св-в равновесных неупорядоченных или частично упорядоченных мол. систем (плотных газов, мол. жидкостей, расплавов солей и металлов, жидких кристаллов, р-ров и расплавов полимеров). Для расчетов обычно используют схему Метро-полиса, согласно к-рой рассматривается система частиц с заданными значениями потенц. энергии взаимод., к-рые зависят только от координат частиц. В классич. схеме Метрополиса переход от одного расположения частиц с. потенц. энергией (потенциалом) U к другому (потенциал U')происходит с вероятностью 1, если U' >= U, и вероятностью exp(U' — U)/kT, если U' < U (T-абс. т-ра, k-постоянная Больцмана). Тем самым моделируется канонич. статистич. ансамбль, для к-рого можно вычислить термодинамич. средние (энергии Гиббса и Гельмгольца, энтропии), структурные параметры и др.

Для решения задач М.д. методом Монте-Карло применяют аналогичную схему моделирования ансамбля взаимод. частиц. Благодаря использованию достаточно реалистич. потенц. ф-ций взаимод. были получены важные сведения о локальных мол. структурах - вблизи межфазных границ, ионных оболочек расплавов солей и орг. молекул и др.; изучается мол. структура воды, конформации макромолекул в р-рах, расплавах и около пов-стей разной формы и т. п. ММК позволяет определить вероятность разл. равновесных конфигураций молекул и оценить подвижность молекул при разных т-рах: найти средние значения амплитуды колебаний атомов, валентных и торсионных углов, определить возможные пути внутри- и межмол. перестроек.

В динамич. методе Монте-Карло (ДММК) последовательность координат частиц, получаемых при расчете по ММК, рассматривается в качестве их временных траекторий. Для этого необходимо при обработке результатов определить физ. время, т. к. в самом ММК оно отсутствует. Время можно ввести, напр., с помощью соотношения Эйнштейна L2 ~ Dt, где D-коэф. мол. диффузии, L-среднее смещение частиц за время t, или на основе другого наблюдаемого в системе процесса, для к-рого известны (из теории, численного или физ. эксперимента) временные параметры (среднее время внутримолекулярных перестроек, времена к.-л. релаксац. процессов). В отличие от упомянутых выше методов МДЭ, рассматриваемый вариант ДММК в результате огрубления мелкомасштабных движений позволяет исследовать динамику молекул на больших временных масштабах - вплоть до времен макроскопич. процессов. Однако методика его проведения в каждом конкретном случае требует спец. обоснования. ДММК используют для анализа релаксац. процессов в полимерных системах и полиэлектролитах, изучения мех. св-в мол. сеток, исследования влияния диффузии и ближнего окружения реагирующих частиц ("изоляции") на кинетику хим. р-ций и др.

Лит.: Крокетон К. А., Физика жидкого состояния, пер. с англ., М., 1978; Федосеев Д. В., Чужко Р. К., Гривцов А. Г., Гетерогенная кристаллизация из газовой фазы. Вопросы кинетики и численное моделирование, М., 1978; Лагарьков Л. Н., Сергеев В. М., Метод молекулярной динамики в статистической физике, "Успехи физ. наук", 1978, т. 125, в. 3, с. 409-48; Методы Монте Карло в статистической физике, пер. с англ., М., 1982; Орлов А. Н., Трушин Ю. В., Моделирование на ЭВМ радиационных дефектов и процессов в кристаллах, "Природа", 1983, № 10, с. 34-43; Лихтенберг А., Либер-ман М., Регулярная и стохастическая динамика, пер. с англ., М., 1984; Готлиб Ю. Я., Даринский А. А., Светлов Ю. Е., Физическая кинетика макромолекул, Л., 1986. М.А.Мазо.


-метилацетофенон -метоксиацетофенон 2-меркаптобензотиазол 2-меркаптоэтиламин 2-метил-5-винилпиридин N-метилпирролидон Магнезоны Магнетохимия Магниевые удобрения Магний Магнийорганические соединения Магнитная восприимчивость Магнитная постоянная Магнитно-спиновые эффекты Магнитные материалы Магнитный момент Магния галогениды Магния гидроксид Магния карбонат Магния нитрат Магния оксид Магния перхлорат Магния сплавы Магния сульфат Мазут Майзенхаймера перегруппировка Мак-лафферти перегруппировка Мак-фадьена-стивенса реакция Макарова фазы Маковое масло Макро- и микрокомпоненты Макрокинетика Макролиды Макромолекула Макромономеры Макропористые ионообменные смолы Макрорадикалы Максимальная работа реакции Малапрада реакция Малахитовый зеленый Малеиновая и фумаровая кислоты Малеиновый ангидрид Малоновая кислота Малоновый эфир Малононитрил Мальтены Мальтоза Мальтол Манганаты Манганин Маннаны Маннит Манниха реакция Манноза Маноилоксиды Манометры Маноол Марганец Марганецорганические соединения Марганца карбонат Марганца карбонилы Марганца нитрат Марганца оксиды Марганца сульфат Марганцевые удобрения Маскирование Маслонаполненные каучуки Маслостойкость Масляная кислота Масляные краски Масляные лаки Масляный альдегид Масс-спектрометрия Массовое число Массообмен Мастики Мастикс Масштабный переход Маточные средства Матрица плотности Матричные рибонуклеиновые кислоты Матричный синтез Машинные масла Меди ацетаты Меди гидроксиды Меди карбонаты Меди нитрат Меди оксиды Меди сплавы Меди сульфат Меди сульфиды Меди хлориды Медицинские масла Медноаммиачные волокна Медные удобрения Медь Медьорганические соединения Меервейна реакция Межгалогенные соединения Межкристаллитная коррозия Межмолекулярные взаимодействия Межфазная поликонденсация Межфазные скачки потенциала Межфазный катализ Мезаконовая кислота Мезидин Мезитила окись Мезитилен Мезо Мезоионные соединения Мезоксалевая кислота Мезомерия Мезомерный эффект Мезонная химия Мейера - шустера перегруппировка Мейера реакция Меламин Меланины Мелем Мельхиор Мембранный катализ Мембранный потенциал Мембраны биологические Мембраны жидкие Мембраны ионообменные Мембраны разделительные Менделевий Ментадиены Ментаны Ментены Ментол Ментон Меншуткина реакция Мепробamat Меркаптаны Меркаптохинолины Меркуриметрия Мерсеризация Мета Метаболизм Метакриламид Метакриловая кислота Метакрилонитрил Металепсия Металлиды Металлизация полимеров Металлилхлорид Металлирование Металлическая связь Металлические волокна Металлические кристаллы Металлические радиусы Металлические соединения Металлов окисление Металлокомплексный катализ Металлопласты Металлополимеры Металлопротеиды Металлотермия Металлоцены Металлургия Металлы Металлы органические Метальдегид Метан Метанол Метансульфокислота Метансульфохлорид Метатезис Метафосфаты органические Метил-b-нафтилкетоh Метилакрилат Метилаль Метиламины Метилацетат Метилацетилен Метилбензолсульфонат Метилвинилкетон Метилдихлорфосфат Метилдихлорфосфин Метилдихлорфосфит Метилдихлорфосфонат Метилдофа Метиленовый голубой Метиленхлорид Метилиафталины Метилизобутилкетон Метилизотиоцианат Метилизоцианат Метилметакрилат Метилнонилацетальдегид Метиловый спирт Метилсерная кислота Метилстиролы Метилтетрафторфосфоран Метилтимоловый синий Метилфторид Метилхлорид Метилхлорсиланы Метилцеллюлоза Метилэтилбензолы Метилэтилкетон Метиновые красители Метионин Метионинметилсульфонийхлорид Механизм реакции Механические процессы Механические свойства Механохимия Меченые атомы Меченые соединения Мешалки Микотоксины Микробиологический синтез Микроволновая спектроскопия Микрография Микрокапсулирование Микрокристаллоскопия Микроудобрения Микрофильтрация Микрохимический анализ Микроэлементы Микроэмульсии Миллона реакция Минерал Минерализация Минеральные воды Минеральные удобрения Минорные нуклеозиды Миоглобин Миозин Мирцен Мирценаль Митомицины Михаэлиса-беккера реакция Михаэля реакция Михлера кетон Мицеллирный катализ Мицеллообразование Мицеллы Мицеллярные системы Мицунобу реакция Многокомпонентные системы Многофотонные процессы Мовеин Модакриловые волокна Моделирование Модификация белков Модифицирование древесины Модифицирование полимеров Молекула Молекулярная биология Молекулярная динамика Молекулярная масса Молекулярная масса полимера Молекулярная механика Молекулярность реакции Молекулярные интегралы Молекулярные комплексы Молекулярные кристаллы Молекулярные модели Молекулярные соединения Молекулярные спектры Молекулярный анализ Молибдаты Молибден Молибдена карбонилы Молибдена оксиды Молибдена сплавы Молибдена фториды Молибдена хлориды Молибденовые удобрения Моллюскоциды Молочная кислота Моляльность Молярность Монель-металл Моноаминоксидазы Моноглим Монокристаллов выращивание Монокристаллы Мономеры Мономолекулярные реакции Мономолекулярный слой Мононить Моносахариды Монофенолмонооксигеназы Монохлорукссусная кислота Моноэтаноламин Морин Морозостойкость Морская коррозия Морфин Морфинановые алкалоиды Морфолин Морфотропия Моторные масла Моторные топлива Мочевая кислота Мочевина Мочевины цикл Мощность дозы Моющее действие Мукайямы реакция Мукополисахариды Мультиплетность Мумия Муравьиная кислота Муравьиный альдегид Мурексид Мускусы Мутагены Мутаротация Мутации Мыла Мылонафт Мышьяк Мышьяка гидрид Мышьяка хлориды Мышьякорганические соединения Мюон Мюоний Мягчители Мёссбауэровская спектроскопия
www.yoki.ru: Ученые из США обучили суперкомпьютер профессии генетика
10.12.2007
… файлов.В системе используются программы BLAST и ClustalW - для изучения последовательности нуклеотидов ДНК и аминокислот в белках; а также NAMD - для изучения молекулярной динамики в биологических системах. Об этом пишет Cnews. …